МРТ особенно важна в диагностике осложнений, особенно, распространения инфекции в полость черепа.

Жидкость, ретенционные кисты и отёчная слизистая гиперинтенсивны на Т2-зависимых изображениях. Т1-зависимые изображения иногда вносят ясность, так как ретенционные кисты могут быть светлее за счет повышенного содержания белка. Жидкость, напротив, ообычно темнее воспаленной слизистой.

Главным недостатком МРТ является плохая визуализация костных границ синусов. Кроме того, отмечается высокий уровень ложно-положительных результатов. Небольшой гиперинтенсивных сигнал от слизистой на Т2-зависимых томограммах при отсутствии клинической симптоматики наблюдается часто у здоровых лиц. Таким образом, при неосложненных острых синуситах МРТ не является обязательной диагностической процедурой.